As cirurgias ginecológicas tratam dos distúrbios do aparelho ginecológico e reprodutor feminino.

Também é uma das áreas que mais tem evoluído em procedimentos minimamente invasivos, preservando a mulher de grandes cortes e cicatrizes e permitindo recuperação mais rápida e menos traumática. 

Dentre alguns dos procedimentos da especialidade realizadas no CECMI estão a laparoscopia diagnóstica, retirada de mioma e de útero, cirurgia em trompas e ovários e curetagem após aborto.